Per l'assistenza veterinaria, l'Osservatorio faunistico regionale ha stipulato apposito Accordo di collaborazione con la Facoltà di Medicina Veterinaria degll'Università degli studi di Bari, che garantisce le cure per gli animali affetti da patologie gravi o per animali in età immatura, presso i locali della Facoltà sita in Valenzano e provvede tempestivamente al controllo medico in Osservatorio su ogni esemplare appena accolto. Il Dipartimento di Medicina Veterinaria rende possibile l'individuazione di agenti infettivi ed infestivi importanti alla luce delle conoscenze sulla circolazione delle malattie infettive e parassitarie nel nostro territorio.
Inoltre, presso la sede dell'Osservatorio faunistico regionale la Facoltà di Medicina Veterinaria svolge attività formativa per gli studenti riguardante la cura, la manipolazione e nel complesso la gestione degli animali selvatici, in particolare dell'avifauna e dei piccoli mammiferi protetti.